夫妻公司股份的合理分配需要综合考虑多个因素，包括股权的性质、公司的经营状况、股东之间的协议以及法律规定。以下是一些常见的股份分配方式：
对于股份有限公司，由于股权具有资合性质，不涉及公司的人合性问题，因此可以按平均分割的方式进行划分。
如果股份属于有限责任公司，且具有明显的人合性质，分割时需要遵守公司法关于股权对外转让的规定。例如，股东过半数同意、其他股东优先购买权等。在实际操作中，可以先确定各自的股份比例，然后进行分割。如果一方不愿意继续持有股份，可以将股份作价一半补偿给另一方，或者将公司变更为一人有限责任公司，或找到新的股东加入。
夫妻双方可以通过协商的方式处理各自的股份。如果协商不成，可以共同委托评估机构对股份的价值进行评估后，由法院作出判决。
如果一方原来不属于公司股东，在对夫妻共有股份分割前可征求其他股东的意见，也可以不征求其他股东意见对夫妻共有股份先行分割。其他股东不同意将公司股份分割（转让）给股东以外的夫妻一方时，不同意分割（转让）的股东应当购买不属股东的夫妻一方应得的股份。该股份买卖所得款项归未取得股份一方所有。如其他股东不购买这一股份应视为同意分割（转让）。
夫妻都不愿意继续经营的，可以对公司资产进行拍卖或清算，夫妻分割清算后的资产，并注销公司。
建议
在实际操作中，建议夫妻双方先进行充分协商，尽量达成一致意见。如果协商无果，可以考虑委托专业律师和评估机构进行股份的价值评估，并寻求法院的判决以确保公平合理。同时，也要注意遵守公司法等相关法律法规，确保分割过程的合法性和有效性。